Nato a Rodi nel 1941, Boncinelli si era laureato in fisica a Firenze. Poi però si è dedicato allo studio della genetica e della biologia molecolare, in particolare allo sviluppo embrionale degli animali superiori e dell'uomo. Dal 2001 al 2004 fu direttore della Sissa, la Scuola internazionale di studi avanzati di Trieste.
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