La SISSA è una delle principali istituzioni scientifiche in Italia per la formazione post-universitaria in Matematica, Neuroscienze e Fisica.
Le selezioni degli studenti avvengono annualmente con una prova di ammissione che si svolge a Trieste o in modalità da remoto; studenti extra-comunitari possono ssere ammessi anche attraverso una preselezione basata su titoli accademici. Al termine dei corsi di studio della durata di quattro anni, gli studenti sono ammessi all'esame finale per l'ottenimento del dottorato di ricerca (PhD).
Sono disponibili dodici corsi, che riguardano le tre principali aree di ricerca: Fisica, Matematica e Neuroscienze.