Così, dopo i successi del suo gruppo di ricerca al Cnr di Napoli, Dado (tale è stato sempre per gli amici) ha fondato nel 1992 e diretto il Laboratorio di biologia molecolare dello sviluppo all'università Vita-Salute San Raffaele di Milano e la Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati (Sissa) di Trieste (2001-2004).
Come scienziato militante Boncinelli ha dato contributi talmente significativi da farne un candidato al premio Nobel, ma egli è stato anche un inesausto propugnatore dell'abito mentale dello scienziato di cui elencava le caratteristiche: curiosità, disciplina, rigore, logica, l'immaginazione e infine, cosa fondamentale, il riconoscimento degli errori.